Envoyé sur le comptoir danois à Tranquebar, sa mission est immense : acquisition de la langue et de la culture indienne, prédication de l’Evangile, création d’églises locales et formation de pasteurs indiens. Il rencontra de fortes oppositions chez les Hindous et de la part des autorités locales danoises. Malgré tout, il s’installa parmi les habitants avec un réel désir de les connaître et de les aimer. Il se lia d’amitié avec les enfants qui lui apprirent la bonne prononciation du tamoul et avec les professeurs qui lui enseignèrent la grammaire. Après 8 mois d’apprentissage, Ziegenbalg était capable de lire et d’écrire en tamoul.

10 mois après son arrivée, il baptisa les premiers Indiens convertis en mai 1707. La même année, il fut arrêté et emprisonné par les autorités locales danoises pendant 4 mois. Celles-ci désapprouvaient la conversion des Indiens au christianisme. Le missionnaire était accusé de les inciter à la rébellion. Ensuite, il se retrouva en désaccord avec la mission danoise qui l’avait envoyée sur place. En effet, la mission lui reprochait de sortir de ses prérogatives. Il avait été envoyé pour prêcher et non pour aider les nouveaux convertis à sortir de leur pauvreté. Ziegenbalg se sentait proche des Indiens et se préoccupait de leur sort.

En 1710, le missionnaire fonda la première école pour les filles. En 1715, il termina la traduction du nouveau testament en tamoul. En 1718, il construisit la première église locale qui fonctionne encore aujourd’hui. Pendant la durée de son voyage missionnaire, il baptisa 250 indiens, et plus particulièrement un hindou à qui il donna le nom biblique d’Aaron. Celui-ci serait le premier pasteur Indien. D'une santé très fragile, Ziegenbalg décéda à l’âge de 37 ans.

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