Le détonateur de la polémique est cette citation d'un empereur bizantin du XIVe siècle que le pape a utilisé dans son discours : « Montre-moi ce que Mahomet a apporté de nouveau et tu ne trouveras que des choses diaboliques et inhumaines, comme son ordre de diffuser par l'épée la foi qu'il prêchait ». Les musulmans sont indignés par cette citation qui laisse entendre que l'islam est intrinséquement violent. Le pape a affirmé que ce texte médiéval ne reflétait pas ses opinions personnelles.

Des groupes proches d’Al-Qaïda ont décidé de poursuivre le djihad (guerre sainte) jusqu'à la «défaite» de l'Occident. Un autre groupe Ansar al-Sunna a répondu au pape : « Nous ne vous réservons que l'épée, en réponse à votre arrogance ». Le guide suprême iranien, l'ayatollah Ali Khamenei, s’est exprimé le 18 septembre à la télévision d’Etat. Pour lui, les propos tenus par le pape sont liés à un complot américano-sioniste contre l’Islam qui a commencé avec l’invasion de l’Irak par les Etats-Unis. « Tout le monde doit considérer que le Grand Satan (les Etats-Unis) est responsable. Les protestations doivent viser ceux qui tirent bénéfice des remarques injustes du pape » a t-il précisé. En Cisjordanie, cinq églises ont été visées par des cocktails molotov ne faisant aucune victime.

Le pape Benoît XVI s'est dit « vivement attristé » par les réactions à son discours du 12 septembre en Allemagne. Sami Salem, l'imam de la grande mosquée de Rome a déclaré qu'« avec les paroles du pape, nous sommes retournés en arrière de plusieurs années ». Enfin, il a jugé que « Nous sommes dans une situation très difficile. La parole est comme un enfant qui vient de naître: une fois qu'elle est prononcée, on ne peut pas revenir en arrière ».

Pope Benedict 'deeply sorry' about reactions to speech